El presidente en funciones Stjepan Mesić, quién había sido elegido en el 2000 como candidato del Partido Popular Croata, podía buscar la reelección a un segundo mandato y compitió como independiente dado que la constitución prohíbe que el Presidente tenga afiliación política mientras este en el cargo.
Presidente Stjepan Mesić participó para la reelección, y el gobernando HDZ ministro de gabinete nominado Jadranka Kosor.
Las elecciones para la segunda vuelta se celebraron el 16 de enero entre Mesić y Kosor.
Aun así, Jadranka Kosor se benefició de los votos que provienen los ciudadanos que viven en el extranjero, el cual redujo la victoria del presidente por único un par de puntos, pero bastante para asegurar una segunda vuelta.
En la noche de la elección, la primera salida encuesta presidente indicado Mesić podría asegurar un segundo plazo sin la necesidad de un runoff, mientras Kosor y Mikšić estuvo mostrado batallando para segundo sitio.