De las 197 compañías en el ejército, 179 ocuparon posiciones aisladas en el oeste y las 18 restantes sirvieron en guarniciones al este del río Misisipi, sobre todo a lo largo de la frontera canadiense y en la costa atlántica.El Ejército de la Unión estuvo compuesto por numerosos organismos, que generalmente fueron agrupados en forma geográfica.Scott era un antiguo veterano de la Intervención estadounidense en México y por su edad no podía realizar sus deberes con la debida eficacia.Aunque era popular entre los soldados, McClellan fue relevado de su cargo por su excesiva cautela y su relación polémica con su superior jerárquico, el presidente de los Estados Unidos Abraham Lincoln, siendo sucedido por Henry W. Halleck, que llegó precedido por informes muy favorables desde el teatro occidental, pero era más un administrador que un planificador y comandante en jefe.Ulysses Grant fue el último comandante en jefe del Ejército de la Unión.Grant tenía críticos que presentaron protestas con razón de las elevadísimas cifras de bajas sufridas por el Ejército de la Unión mientras que él estuvo en el cargo de comandante en jefe del mismo, pero el presidente Abraham Lincoln no sustituyó a Grant, porque, según palabras del propio Lincoln: «No puedo reemplazar a este hombre.Los diplomáticos sudistas habían estado intentando lograr una paz negociada (o incluso una rendición condicional) desde la batalla de Gettysburg en julio de 1863, pero los líderes del Gobierno federal no aceptaron ninguna propuesta al efecto, ya que prevalecía la opinión de que cualquier concesión del Gobierno de los Estados Unidos, habiendo derrotado al Ejército Confederado en el campo de batalla, sería una victoria a corto plazo y podría dejar la puerta abierta a una reedición del conflicto.Pero la mayor parte de los soldados extranjeros fueron dispersados entre las distintas unidades.Tanto los afroamericanos libres y fugitivos esclavos se unieron a la lucha.Casi todos los regimientos de voluntarios negros fueron convertidas en unidades USCT.Los regimientos USCT fueron dirigidos por oficiales blancos, mientras que el avance de rango era limitado en los soldados negros.En 1861 y 1862 la guerra iba mal para el Ejército federal, con lo que hubo, según algunos cálculos, 180 000 deserciones.Los irlandeses fueron también los protagonistas principales en los disturbios acontecidos en 1863 en la ciudad de Nueva York (véase el artículo Draft Riots).Una muchedumbre enfervorizada atacó todo: desde iglesias afro-estadounidenses hasta un orfanato o las oficinas del New York Tribune.Se enviaron tropas federales, que llegaron a abrir fuego contra los revoltosos.
