Eichwald fue un germano del Báltico, nacido en Mitau, Ducado da Curlandia y Semigalia.
Obtuvo su doctorado de medicina, y fue profesor de zoología en Kazán, en 1823; y cuatro años más tarde profesor de zoología y anatomía comparada en Vilna.
En 1825, se casó con Sophie von Fincke.
En 1838 obtuvo el profesorado de zoología, mineralogía y medicina en San Petersburgo; y finalmente profesor de paleontología en el Instituto de minas en esa ciudad.
La abreviatura Eichwald se emplea para indicar a Karl Eduard von Eichwald como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.