Ha jugado en clubes como el Ajax Ámsterdam, Juventus, Fulham, Manchester United y el V. V Noordwijk.Posteriormente jugó en el VV Noordwijk, hasta que fue descubierto por el Ajax Ámsterdam.Estuvo dos campañas de titular, con un gran rendimiento, pero la Vecchia Signora fichó a Gianluigi Buffon y Edwin decidió probar suerte en Inglaterra y no ser relegado al papel de suplente.Realizó 66 partidos con el club turinés, donde logró conseguir la Copa Intertoto de la UEFA en el año 1999.Posteriormente, el neerlandés firmó un contrato por cuatro años con el Fulham, en una operación que bordeó las £ 7.700.000.Disputó 127 partidos con el equipo, ganando la Copa Intertoto de la UEFA en el año 2002.El equipo español ganó 3 a 1 impidiéndole levantar al portero neerlandés su tercera Champions League.El 21 de junio contra Rusia, tras un gran partido y Eurocopa, y 128 partidos desde que debutara en 1995, anunció también que jugará sólo una temporada más en el Manchester United.[4] En diciembre del 2009, Van Kesteren ingresó en el hospital solo dos días antes de Navidad,[6] los informes decían que había sufrido una hemorragia cerebral sospechosa y estaba en una condición "muy mala".
