Edwin Hernández ingresó a las fuerzas básicas del Pachuca en el año de 1998, donde jugó en las categorías inferiores Sub-15, Sub-17 y Sub-20, pero no logró debutar con el primer equipo.
Tras destacar con el equipo Sub-17, para el Clausura 2005 fue enviado al Pachuca Juniors, donde tuvo excelentes actuaciones.
San Luis al no renovar el préstamo y por falta minutos de juego, se oficializa su regreso con los Indios en su segunda etapa con el equipo para el Apertura 2010, jugando en el Ascenso MX.
Tras la desaparición de los Indios, Grupo Pachuca adquiere al Club León, y el jugador es mandado para el Apertura 2011.
Jugó los 23 partidos, incluyendo la final, donde resultó campeón de Ascenso, así como posteriormente también fue bicampeón en el Apertura 2013 y Clausura 2014.