Concluida la guerra, fue marino mercante durante quince años, hasta que en 1798 se reincorporó al servicio activo en la Marina, durante la Cuasi-Guerra, donde tuvo éxito protegiendo a los barcos estadounidenses de los navegantes en corso franceses.Tras resolver con celeridad y eficacia una violación del tratado por parte del sultán de Marruecos, Preble puso proa a Trípoli y bloqueó su puerto.Durante la acción naval subsiguiente, el USS Philadelphia embarrancó y fue capturado, aunque Preble consiguió incendiarlo e inutilizarlo.Disgustado enormemente por no poder concluir la misión asignada con éxito, Preble retornó a EE.Murió un año después, aún en la Marina, dirigiendo la construcción de cañoneras.
El
USS Philadelphia
embarranca frente a Trípoli, en 1803.
