Su primo George Phillips Bond, fue director del Harvard College Observatory.

Mientras trabajaba en el Observatorio Lick, fundó en 1889 la Astronomical Society of the Pacific (Sociedad astronómica del Pacífico), de la que fue el primer presidente.

[1]​ El 28 de agosto de 1877, pocos días después de que Asaph Hall descubriera las lunas marcianas Deimos y Fobos, Holden dijo haber hallado un tercer satélite, pero análisis posteriores mostraron errores en las observaciones en las que se basó.

Escribió varios libros, incluyendo textos de ciencia para niños, como por ejemplo Real Things In Nature.

A Reading Book of Science for American Boys and Girls ("Cosas reales en la naturaleza.