Continuó su carrera en el cine en películas como Brainscan, Pet Sematary Two y otras independientes.

[cita requerida] En el 2005 formó parte del reparto de The Crow: Wicked Prayer —basada en el libro de cómics The Crow— junto a David Boreanaz, Tara Reid, Dennis Hopper y Macy Gray.

Furlong también tuvo un papel en The Green Hornet del director Michel Gondry.

[cita requerida] En la Comic Con de San Diego del 2019, James Cameron confirmó que Furlong volvería a interpretar a John Connor en la próxima película Terminator: Dark Fate.

Mantuvo después una relación de cinco años con la que fuera su mánager, Jacqueline Domac, a la que conoció durante el rodaje de Terminator 2: El juicio final.

[5]​ Furlong ha estado inmerso en el mundo de las drogas, razón por la que no participó en Terminator 3.