Regresó a Roma al estallar la Guerra Civil.
Obtuvo la cátedra de arquitectura cristiana en el Istituto di Archeologia Cristiana, cargo que desempeñó hasta 1941.
Junyent fue el encargado de trasladar la sede del Museo Episcopal hasta la antigua escuela de San José.
Entre sus numerosas obras destacan una primera serie de libros dedicados a la arqueología cristiana así como una extensa bibliografía relativa a la ciudad de Vich.
Dentro de las obras dedicadas al arte hay que destacar: