Por ser la Universidad de Costa Rica el campeón del Torneo de Apertura 2012 obligó automáticamente a una final nacional entre ambos por el ascenso a Primera División, el cual lo logra el equipo académico tras imponerse 2-1 en la ida en el estadio Ecológico y sacar un empate 1-1 en la vuelta en el Valle de El General.
En mayo del 2014 los Pumas vuelven a saborear las mieles del título nuevamente bajo la tutela de Edgar Carvajal logrando ganar el Torneo Apertura 2013 ante San Carlos doblegando a los Toros del Norte con un global de 3-1.
[2] Los generaleños sacaron un empate 1-1 en la ida en el estadio Carlos Ugalde con gol de Aarón Navarro y posteriormente en la vuelta se impone 2-0 gracias a un tanto de Aarón Navarro y un autogol de Mario Bello.
En el torneo siguiente, es decir el Torneo Clausura 2014 volvieron a coronarse otra vez bajo el mando de Edgar Carvajal, esta vez ante Juventud Escazuceña cayendo en la ida 1-0 en Escazú, pero logrando un 3-0 en la vuelta con anotaciones de Christian Bermúdez, Albán Gómez y Aarón Navarro.
De esta manera el equipo logra el ascenso a la Primera División de manera directa y así tomar el lugar que dejó el Puntarenas FC.