A ese club llegó en 2006, cuando fue descubierto por los entrenadores Hermelindo Cantarero y Alberto Lalín.

[6]​ El director técnico que le permitió debutar fue el argentino Roque «El Brujo» Alfaro.

[7]​ Durante la siguiente temporada –2009/10–, Hernández fue nombrado «mejor jugador joven del club».

[8]​ Este galardón, conjugado con otros logros, empezaron a darle fama y protagonismo dentro del fútbol hondureño.

[10]​ Unas semanas después de haber estampado su firma en el respectivo contrato, Hernández se unió a la pretemporada del equipo en Florida, Estados Unidos.

Allí, el club sueco disputó el Disney Pro Classic Soccer, torneo en el cual enfrentó a los clubes F. C. Dallas, Toronto F. C. y Orlando City S. C. Debutó el 25 de febrero, en el empate de 1 a 1 contra el F. C.

Sin embargo, la pelea por comandar el ataque del «Ciclón Azul» no le resultó sencilla, ya que el club –en aquel entonces– tenía en su plantel a jugadores como Georgie Welcome, Jocimar Nascimento e incluso Roby Norales.

Para el Torneo Apertura 2013, Motagua contrató al serbio Hristo Vidaković como su nuevo director técnico.

De igual forma, para Hernández el panorama también se tornó gris, ya que apenas disputó 11 juegos sin conseguir anotación alguna.

Marcó su primer doblete durante la siguiente fecha, en el juego que Vida ganó por 2 a 0 en la visita al Marathón.

[19]​ Cuatro días después, el 20 de enero, anotó su primer gol contra Monterrey en el Estadio Tecnológico.

[20]​ Aquel gol, válido por la Copa México, le dio la victoria a su club sobre los «Rayados».

En 2011, fue convocado por primera vez para un partido amistoso contra El Salvador en Houston, que finalizó con empate de 2 a 2.

Posteriormente, fue incluido por Luis Fernando Suárez en la nómina que disputó la Copa de Oro 2011, donde Honduras alcanzó las semifinales cayendo ante México.

Honduras finalizó en el 4° puesto del Grupo A, que compartió con las selecciones de Estados Unidos, Panamá y Haití.