Existen varias formas de micromanipulación, así como diferentes protocolos en cuanto a duración y orden de la manipulación se refiere, todos ellos enfocados a minimizar el tiempo que el embrión permanece fuera del incubador para que las variaciones de pH y temperatura (las cuales van en detrimento del desarrollo adecuado del embrión) sean lo más pequeñas posible.
Tanto la manipulación mecánica como química requieren una gran habilidad técnica para producir unos micro-agujeros controlados, uniformes y estandarizados.
Este método se conoce como PZD, de sus siglas en inglés "partial zona dissection" y fue llevado a cabo por primera vez por J. Cohen.
Otra variante consiste en la reducción del grosor de la zona mediante su limado por una micro-aguja.
Con este fin, es muy importante la correcta orientación del embrión a la hora de sujetarlo: la zona expuesta al ácido no debe tener debajo ninguna blastómera, sino espacio perivitelino vacío.
Sólo es posible en el estadía de blastocisto, puesto que antes disgregaría al embrión en blastómeras aisladas.
Hasta la fecha, no hay pruebas científicas suficientes para recomendar la eclosión asistida de forma rutinaria en todos las situaciones.
En una mujer con un problema de desarrollo ovocitario, una vez que se ha fecundado su óvulo y han aparecido los pronúcleos, se pueden transferir los pronúcleos a un óvulo donante, que aportará la maquinaria necesaria para el desarrollo del embrión.
La edición génica sería el siguiente paso para curar y modificar los embriones, pero esto no es legal.