[7]​ Debutó en el fútbol profesional en la Copa Río 2005 - la primera victoria se produjo en la tercera jornada contra el Esporte Clube Resende, por 2-0, en el estadio del Trabajador.

[12]​ En la segunda mitad del año, el equipo compitió en la Copa Río y volvió a terminar en sexta posición.

[13]​ En la primera fase, el Duque de Caxias se clasificó en segundo lugar del Grupo 11, empatado a puntos y diferencia de goles con el tercer clasificado, el Paulista, pero había marcado más goles (8 contra 6) y se hizo con la plaza, junto con el América Mineiro.

[14]​ El club aún perdió un punto,[16]​[17]​ ganado contra el Rio Branco-AC, en el episodio conocido como cai-cai,[18]​ en el Arena da Floresta, en la segunda vuelta de la fase.

[22]​ Al final, el Duque de Caxias terminó primero y,[23]​ junto con el Resende, se salvó del descenso.

[27]​ Paralelamente a la Serie B 2009, el Duque de Caxias disputó en noviembre un torneo internacional - la Copa BTV Number One, en su décima edición - en Vietnam.

[35]​ En la primera ronda, logró clasificarse anticipadamente en el segundo lugar del Grupo B, que lideraba Volta Redonda.

En la segunda fase, también por adelantado, se aseguró el primer puesto del Grupo E con 10 puntos[35]​ y avanzó por primera vez a las semifinales de la competición.

[40]​ En 2014, Duque de Caxias tuvo una campaña muy irregular en el Campeonato Carioca, terminando en el último lugar y descendiendo a la Serie B al año siguiente, junto con Audax Rio.

[46]​ En la Copa Río, Duque de Caxias participó en el grupo D junto a Bonsucesso, Friburguense y Resende,[47]​ pero no consiguió repetir la buena racha del año anterior, cuando conquistó el título.

[51]​ En la Serie D del Campeonato Brasileño, Duque de Caxias quedó encuadrado en el grupo A6, junto con Botafogo-SP, CRAC, Gama y Villa Nova-MG.