El Dunajec forma la frontera entre Polonia y Eslovaquia durante 27 km en las montañas Pieniny Środkowe (eslovaco: Centrálne Pieniny), al este del embalse de Czorsztyn.

Fluye a través de la parte central de la montañas Pieniny, crea un giro pintoresco en la frontera polaco-eslovaca entre Sromowce Wyżne y Szczawnica.

Más abajo se vuelve al norte para entrar en las montañas Beskides occidentales, y la cuenca de Sądecka (donde recibe a su afluente más largo, el Porprad).

Cruza un valle abierto en el piedemonte Beskides y cae cruzando el piedemonte de Rożnów (con otros dos pantanos: el lago Jezioro Rożnowskie y el lago Jezioro Czchowskie) y finalmente, lleva a la cuenca de Sandomierz y el valle de las tierras bajas del Vístula.

El Dunajec pasa por, o cerca de, las siguientes localidades: