Comenzó a escuchar rock'n'roll siendo todavía un niño pero tras un viaje al festival de jazz de Newport comenzó a interesarse por la música jazz y estudiar piano.

Tras graduarse en 1965, cursó Literatura Inglesa en el Bard College, donde conoció al músico Walter Becker.

Fagen y Becker formaron Steely Dan en 1972 junto con los guitarristas Denny Dias y Jeff "Skunk" Baxter, el batería Jim Hodder y el cantante David Palmer, lanzando su álbum debut, Can't Buy a Thrill, en noviembre de ese mismo año, logrando un considerable éxito de ventas.

[5]​ A partir de 1981, Fagen y Becker deciden aparcar por un tiempo Steely Dan para iniciar sus respectivas carreras en solitario.

The Nightfly fue nominado al Grammy en la categoría de mejor álbum del año.