En 1792 fue declarado miembro honorario de la Accademia di San Luca y dos años después regresó a Portugal con un prestigio reconocido y diversos encargos, entre ellos destacaban: pinturas con temática sobre las sagradas escrituras, grandes composiciones históricas y cuadros de gabinete.
También participó en los presentes que dieron a William Carr Beresford y el duque de Wellington por su participación en la guerra contra Napoleón, sin embargo, Sequeira estuvo inicialmente de parte de las tropas francesas dedicando un cuadro al general Junot.
Durante su estancia en Francia expuso en el Museo del Louvre y recibió un premio por un cuadro titula Muerte de Camoens que se encuentra desaparecido y se considera la primera obra romántica portuguesa, pero especialmente pudo relecionarse con los románticos franceses y entabló amistad con Eugène Delacroix.
En 1826 se trasladó a Roma y estuvo dirigiendo la Academia portuguesa, en esta ciudad pudo asistir a una exposición de Turner que le impresionó mucho y le inspiró en su obra La adoración de los reyes magos.
A continuación se muestran algunas obras que permiten seguir la evolución de su estilo pictórico.