Nacido en San Petersburgo,[1] era el sexto hijo de un consejero privado con acceso a la corte zarista.
En 1888, conoce a Zinaída Guíppius, en Borjomi (Cáucaso) con quien se casa en enero de 1889.
El ensayo de Merezhkovski Sobre las causas del declive y sobre las nuevos caminos de la Literatura Rusa Contemporánea (1892), inscrito en ese contexto, se llegaría a considerar como una de las fuentes del simbolismo ruso Tras 1900, él y su esposa, unidos a Dmitri Filosófov y Vasili Rózanov promovieron una nueva secta religiosa, los Bogoiskáteli o "buscadores de Dios", "cristianos espirituales" que se reunieron con los representantes de la Iglesia Ortodoxa hasta 1903, en que estos encuentros fueron prohibidos por el propio Konstantín Pobedonóstsev, procurador del Sínodo Sagrado de la Iglesia Ortodoxa Rusa.
En 1901, habían fundado la Sociedad Filosófica-Religiosa que publicaba la revista de prosélitos Nóvy put (en ruso, El nuevo camino), cuya progresiva falta de interés promovió que, en 1904, la pareja Merezhkovski iniciase un viaje a través de Rusia, reuniéndose con otras sectas místicas.
Novy put, por su parte, se fue constituyendo como portavoz del anarquismo místico del editor Gueorgui Chulkov, por lo que Merezhkovski, criticado además por el simbolista Aleksandr Blok en su diario, dejó de colaborar con la publicación.