La temporada 1998-99 de División de Honor fue la 10.ª edición de la máxima competición de la Liga Nacional de Fútbol Sala española.

La liga empezó con 18 equipos y un sistema de liga basado en fase regular más fase final, en el que los ocho primeros disputarían el título de campeón y los tres últimos descendían a División de Plata.

El campeón fue Caja Segovia FS, que batió en la final al Industrias García de Santa Coloma de Gramanet en tres partidos.

Ascienden a División de Honor 1998/99: Cefire Burela, Foticos Zaragoza y Ourense FS.

Sistema de puntuación: Victoria = 3 puntos; Empate (E) = 1 punto; Derrota = 0 puntos