Manchester 62 volvió a participar luego de estar ausente la temporada pasada, el club ingresó de manera directa en la División 1 probablemente debido a sus méritos en la temporada 2013-14.
Por otra parte Lions Gibraltar se reestructuró administrativamente y empezó a competir en la División 3 2016-17 luego del descenso de su equipo reserva en la División 2 y Cannons descendió a la División 2 2016-17 luego de perder el partido de ascenso y descenso contra Mons Calpe, subcampeón de la División 2.
Por otra parte Boca Juniros y Lions Gibraltar Res. descendieron a División 3 2016-17.
En el caso de Lions Gibratar Res. al año siguiente se convirtió en el equipo principal y participó en la División 3.
Gibraltar United (1.°) consiguió un ascenso especial y se clasificó para la División 2 2016-17, mientras que Newton Store (2.°) y Morocan Athletic (3.°) ascendieron a la División 3 2016-17.
Como consecuencia de la estructuración antes mencionada, Lions Gibraltar C desapareció.
Por segunda vez el campeón de la División 1 se clasificó para el Trofeo Luis Bonavia 2016, la supercopa, que disputó frente al campeón de la Futsal Rock Cup 2016.
En la División 1, los cuatro primeros al final de esta etapa regular, se clasificaron a la ronda de campeonato que constó de dos semifinales que se jugaron a doble partido y una final jugada a partido único.
En las otras divisiones la tabla de posiciones determinó a los campeones, los ascensos y también los descensos.
El club clasificado empezó su participación en la ronda preliminar de la edición 2016-17.