La División 1 estuvo integrada por apenas 6 equipos debido a la desaparición, en la temporada pasada, de hasta cuatro clubes.
Rock 54 ganó la División 2; sin embargo, desapareció al final de la temporada, por lo que Gibraltar Titans (2.°), Rock Solid (3.°) y Gibraltar United (4.°) ascendieron a la División 1 2017-18.
Además Young Boys Gibraltar (7.°) se fusionó con College 1975 y lograron inscribirse para participar en la División 1 la siguiente temporada bajo la denominación de College Young Boys.
Gibraltar Hercules (1.°), Newton Store (2.°), Boca Juniors (3.°), Saints New Team (4.°), Laguna (5.°) y el reestructurado Lions Gibraltar (6.°) ascendieron a la División 2 2017-18 luego de ocupar los primeros lugares de la División 3.
Por otra parte, Special Olympics y Moroccan Athletic desaparecieron al final de la temporada.
Por tercera vez el campeón de la División 1 se clasificó para el Trofeo Luis Bonavia 2017, la supercopa, que disputó frente al campeón de la Futsal Rock Cup 2017.
Al final de la temporada el equipo que más puntos logró se proclamó campeón.
La reestructuración de la próxima temporada obligó a la eliminación de la División 4 y por lo tanto todos los clubes que allí jugaban fueron reubicados entre la División 2 y 3.