El distrito de Beja corresponde a la mitad sur de la llanura alentejana, irrigada por cursos de agua en general pequeños y que casi se secan en verano, y cruzada en su totalidad por sierras bajas y poco inclinadas.

En la red hidrográfica, además del Guadiana y de sus muchos pero poco caudalosos afluentes, hay dos otras cuencas hidrográficas relevantes: la del río Sado, que nace en el distrito, en las inmediaciones de Ourique y se dirige al distrito de Setúbal, y la del río Mira, que nace en la Sierra de Caldeirão y desemboca en el Atlántico junto a Vila Nova de Milfontes.

En el distrito de Beja se encuentran algunos embalses de grandes dimensiones, especialmente el mayor del país, el Embalse de Alqueva (Río Guadiana, dividido con el distrito de Évora y con España), el Embalse del Chança (Río Chança, dividido con España), El Embalse de Santa Clara (Río Mira), el Embalse del Monte da Rocha (Río Sado) el Embalse do Roxo (Ribera del Roxo) y el Embalse de Odivelas (Ribera de Odivelas).

La costa es rocosa y se extiende casi en línea recta de norte a sur, siendo los principales accidentes la desembocadura del Mira y el Cabo Sardão.

El distrito de Beja se subdivide en los siguientes 14 municipios: En la actual división principal del país, el distrito se encuentra totalmente incluido en la Región Alentejo.