Nació en Medan, Sumatra; pero pasó su juventud en Bogor, Java.
En 1932, su familia se trasladó a La Haya; donde terminó su educación secundaria en la escuela Dalton Den Haag en 1937.
Ese mismo año fue promovido a profesor por Hilbrand Boschma con su disertación «Rinocerontes prehistóricos y fósiles del archipiélago malayo y la India».
Desde 1970 hasta su jubilación en 1979 fue profesor en la Universidad de California en Irvine.
Hooijer publicó 267 artículos científicos sobre fósiles de vertebrados de Indonesia, África, el Oriente Próximo (especialmente Israel), los Países Bajos, las Antillas y América del Sur.