Hasta la aparición de una dirección general especialmente destinada a las relaciones con los países del continente africano, eran asumidos por órganos de carácter general, como la Dirección General de Política Exterior (DGPE) desde 1942 y sobre todo por la Dirección General de Marruecos y Colonias, pues el Protectorado era el mayor interés español en el continente.

[5]​ Además, este año adquiere una mayor autonomía al suprimirse la DGPE, que actuaba como órgano político director.

[8]​ A partir del año 2000 el órgano empieza a centrarse únicamente en el continente africano, si bien continuadamente con competencias sobre la zona asiática del mundo árabe.

[9]​ Esta estructura se mantiene así hasta 2008, en la que se separan las competencias sobre el mundo árabe y el Magreb pasan a la nueva Dirección General de Política Exterior para el Mediterráneo, Magreb y Oriente Próximo, centrándose ésta en el resto del continente, concretamente en el África subsahariana.

A partir de 2017, vuelve a las competencias del periodo 2008-2011 centrándose principalmente en el África subsahariana,[10]​ situación que se mantiene hoy en día con pequeñas variaciones en su estructura.