[3]​ Poseía dos subdirecciones generales, una para personal y otra para suministros e instalaciones.

La siguiente reforma de este órgano directivo se produce en 1991 que, tras varios años de transferencias competenciales a las comunidades autónomas, sus competencias empezaron a ser limitadas a aquellas regiones que aún no hubieran asumido competencias sanitarias.

Se denominó Dirección General de Recursos Humanos y Organización.

Además, las competencias sobre instalaciones y compras de suministros se traspasan a la nueva Dirección General de Conciertos, Compras, Obras e Instalaciones.

[7]​ A finales de ese año, perdió competencias de gestión sobre la secretaría técnica del Consejo Interterritorial del Sistema Nacional de Salud que antes poseía la Subdirección General Cohesión y Alta Inspección del Sistema Nacional de Salud y que pasaron a integrarse en la Secretaría General de Salud Digital, Información e Innovación del Sistema Nacional de Salud.