El ejercicio de la Autoridad Marítima se remonta a principios del siglo XVII, habiendo sido siempre realizado por marinos.

A finales del siglo XVII y durante la república se establecieron varias capitanías de puerto ante la imperiosa necesidad de evitar las constantes pérdidas de embarcaciones, vidas humanas, cargamentos valiosos y con la finalidad de mantener el orden en los puertos.

Posteriormente, durante la república y a mediados del siglo XIX se había organizado un sistema de inspección de capitanías que dio paso a la Sección y luego a la Dirección de Capitanías.

La Ley Orgánica N.º  13508 (ley secreta) establecía asimismo que el Ministerio de Marina tenía la potestad y responsabilidad de fiscalizar el tráfico acuático, ejerciendo jurisdicción sobre las aguas de la costa, los puertos y las actividades marítimas, fluviales y lacustres.

[1]​ La Dirección General de Capitanías y Guardacostas cumple el rol de vigilancia y control, búsqueda y rescate (SAR), protección del medio ambiente y recursos naturales, así como de reprimir todas las actividades ilícitas en el ámbito acuático peruano( mar, ríos y lagos) conocido como el dominio marítimo del Perú.