[1]​ Debido a esto, de la DIGENECO dependen funcionalmente todos los órganos competentes en las citadas materias del Ministerio y de sus organismos autónomos.

Dependía de la Subscretaría y gestionaba todos los recursos económicos del Departamento de Defensa así como asesorar a los altos mandos del Ministerio.

[3]​ La reforma militar y administrativa de 1984, que creó la Secretaría de Estado de Defensa, supeditó este órgano a ella y le dio su denominación actual.

Tres años más tardes se suprimió la Subdirección General de Gastos de Personal y la Ordenación General pasó a denominarse Subdirección General de Contabilidad.

[5]​ La siguiente reforma fue en 1996, suprimiendo Subdirección General de la Programación y Seguimiento[6]​ y estableciéndose la estructura actual.