La intención de los jugadores no es representar al personaje elegido, por lo tanto está permitido elegir un nombre propio y modificar la aparencia del avatar hasta cierto punto.
En adición, otros Digimon iniciales son ofrecidos a veces durante eventos especiales; entre estos se encuentran DemiVeemon, Hopmon, Yaamon, Dorimon, y hasta un Agumon X, del anime Digimon Savers.
La batalla se realiza en un sistema de turnos, al estilo Final Fantasy.
En la batalla, el jugador puede tomar varias acciones respecto al Digimon que esté utilizando, como usar cartas para alterar temporalmente sus características, hacerlo digievolucionar o cambiarlo por otro Digimon que posea.
Las cartas se pueden comprar en el juego o de otros jugadores.