Según la historia, murió en 1511, durante un viaje a Puerto Rico, cuando los taínos, bajo el mando de Agüeybaná II (hermano del gran cacique taíno Agüeybaná) y el cacique de Añasco, Urayoán, lo ahogaron en el Río Grande de Añasco.
[2] Históricamente, han chocado dos versiones sobre cómo Salcedo fue atraído a su muerte.
La otra versión dice que los taínos le ofrecieron a Salcedo cruzar un río, lo llevaron en brazos y luego lo ahogaron y lo retuvieron durante días, temerosos de que todavía estuviera vivo y esperando hasta que estuvieran seguros de que estaba [3] Una tercera y más aceptada versión de la muerte de Salcedo dice que los taínos, temiendo que los españoles pudieran ser dioses, se abstuvieron de hacerles daño.
Temiendo que Salcedo pudiera resucitar después de tres días, basándose en su comprensión de las enseñanzas cristianas ejercidas por los sacerdotes católicos, se sentaron durante tres días esperando que Salcedo regresara de entre los muertos, pero todo lo que vieron fue el cuerpo de Salcedo pudriéndose debido al calor tal como lo harían ellos.
En ese momento, los taínos se dieron cuenta de que estos no eran dioses.