La sede de la diócesis se encuentra en la ciudad de Hradec Králové, en donde se halla la Catedral del Espíritu Santo.

[2]​ La iglesia gótica del Espíritu Santo, construida en el siglo XIV, fue elegida como catedral de la nueva diócesis, y el primer obispo nombrado fue Matthäus Ferdinand Sobek, benedictino de la abadía de San Nicolás en Praga.

En 1909 el número de monasterios o conventos había superado las 70 residencias, muchas de las cuales albergaban comunidades religiosas femeninas.

Durante el régimen comunista, después de la muerte del obispo Mořic Pícha en 1956, no se concedió autorización gubernamental para el nombramiento de un nuevo obispo, que sólo fue nombrado en 1989, después de treinta y tres años de vacancia.

Durante este período, Karel Otčenášek, obispo titular de Quersoneso de Creta, fue nombrado administrador apostólico, pero fue arrestado por la policía y condenado a prisión.