Los videojuegos se ambientan en el siglo XXI, centrándose en temas futuristas y del mundo del cyberpunk, así como el desarrollo de tecnología avanzada y sus efectos en el mundo.

El protagonista principal es JC Denton, un agente novato de la UNATCO con habilidades especiales gracias a la nanotecnología.

Human Revolution tiene lugar veinticinco años antes de Deus Ex, en el año 2027.

Mankind Divided se desarrolla dos años después de Human Revolution.

Viviendo en un mundo donde se teme y odia a los humanos aumentados, Adam Jensen se une al GO29, un grupo antiterrorista financiado por la Interpol, para detener una amenaza orquestada por los Iluminati.