Se formó como mecánico y trabajó como vendedor de autos usados, restaurantero y organizador de música.
Esto fue seguido por contratos en diversos teatros como el Stadttheater Augsburg, el Teatro de Hanover, el Junges Theater Göttingen, HAU 2 Berlin, el Teatro de Cámara de Múnich, y trabajo continuo en la industria del cine y la televisión, ya a nivel internacional, así como diversas obras como escritor para el cine y el teatro.
Su pieza de teatro Pornostars mit Liebeskummer («Estrellas porno enamoradas») se estrenó en el Staatstheater Hannover en 2003.
En 2015 apareció en la película de James Bond Spectre, donde Bothe interpretó a un villano, un miembro de la organización criminal internacional SPECTRE.
En 2016, interpretó al líder nazi Reinhard Heydrich en el film de Sean Ellis, Anthropoid, con una caracterización física muy notable.