Tras la guerra civil española volvió a disputar la primera categoría del Campeonato de Cantabria y la Segunda División donde quedó colista.
También disputó esa temporada la Tercera División y quedó segundo en su grupo pero un polémico partido frente al Club Langreano le privó del ascenso.
Además fue suspendido de las competiciones durante la temporada siguiente debido al cierre del Malecón y sancionado con 5000 pesetas por la agresión que sufrió el árbitro Eduardo Iturralde (abuelo de Iturralde González) tras el mencionado partido.
En la temporada 1942-43 y tras cumplir sus sanciones disputó el Campeonato regional Federación Astur Montañesa ocupando un meritorio quinto puesto en la clasificación final.
Además de los enfrentamientos con el Racing de Santander en el ya conocido derbi cántabro resulta reseñable la disputa del primer derbi local entre dos equipos de la misma ciudad ya que, aunque sí se habían disputado derbis frente a otros del municipio como Barreda Balompié o Campuzano F.C., nunca había sucedido entre dos equipos del núcleo urbano, por así decirlo, y despertó una gran expectación entre los torrelaveguenses.