El primer triunfo del Deportivo Santaní se dio en la tercera fecha del campeonato, en su primer partido de local, cuando le ganó con un 2-0 al Atlético Colegiales, con un doblete de Benicio Cañete y ante unos 3000 aficionados.[4] La primera participación en la Segunda División resultó ser bastante irregular, peleando siempre en la parte baja de la tabla.No obstante, en la temporada 2014 fue el año en que el Deportivo Santaní al fin consiguió el anhelado objetivo.En la fecha 21 ante el empate con Guaraní de 2-2, logró su clasificación histórica a la Copa Sudamericana 2019.Terminó en la séptima posición del Puntaje Acumulado de Fútbol paraguayo en el 2018 con 50 puntos en 44 juegos.Pero luego en la segunda fase enfrentó a otro equipo colombiano, La Equidad, dónde esta vez fue derrotado por un 4-1 global tras perder 2-0 en la ida y 2-1 en la vuelta respectivamente.
