El club Municipal fue campeón nacional en dos oportunidades la primera en 1961 al mando de Félix Deheza de nacionalidad boliviana y la segunda en 1965 bajo la conducción técnica del boliviano José Luis Rodríguez.

El cuadro paceño apareció en tres ediciones de la Copa Libertadores de América: 1962, 1966 y 1974, dejando buena impresión a nivel nacional e internacional, empero no consiguió avanzar a una siguiente fase.

En la edición de 1962, “Muni” arrancó en el grupo 1 con triunfo 2-1 sobre Cerro porteño como local, pero perdió 3-2 en Asunción ante este rival.

Salvo la victoria en Milagro (ECU), Municipal perdió en sus visitas a Montevideo, Guayaquil y Cochabamba.

Se rehizó empatando 3-3 con Sao Paulo en Brasil y goleando 5-2 al Aviador en La Paz1.