Su cabecera fue la localidad de Cochrane.
El departamento nació de la división del departamento de Chile Chico mediante la Ley 17324 de 1970, que creó los departamentos General Carrera y Baker.
El departamento de Baker quedó conformado por las comunas-delegaciones de Cochrane, Tortel y O'Higgins.
[1] El territorio departamental fue muy similar a lo que había sido anteriormente la comuna de Baker y a lo que sería después la provincia Capitán Prat.
[2] Al año siguiente se fijó la nueva división provincial, con lo cual el departamento de Baker dejó de existir.