Tampoco es posible seleccionar las unidades que defragmentar, aunque Windows Vista Service Pack 1 agrega esta característica.
Microsoft ha declarado que esto se debe a que no hay beneficio discernible para el rendimiento puesto que el tiempo de búsqueda de esos grandes trozos de datos es insignificante en comparación con el tiempo necesario para leerlos.
Esta utilidad se puede utilizar para desfragmentar volúmenes específicos o simplemente para analizar los volúmenes como el desfragmentador de Windows XP.
El Desfragmentador de disco es mantenido por el equipo "Microsoft's Core File Services" (CFS).
En el Service Pack 1 de Windows Vista se ha actualizado la versión para Vista de manera que incluya las mejoras desarrolladas en Windows Server 2008.