A su regreso a Desembarco del Rey, Aegon II decretó que Rhaenyra nunca fue reina, por lo que en todos los registros y crónicas se refieren a ella como "princesa" Aunque parecía que Aegon había ganado la guerra, los partidarios de la reina siguieron luchando tras su muerte, ahorra en derecho de su hijo Aegon.
Los negros lograron predominar ante las fuerzas del rey, quien fue traicionado por sus antiguos aliados, siendo envenenado a muerte.
En una decisión no exenta de polémica, Jaehaerys decidió anteponer a su descendencia masculina sobre la femenina.
Sin embargo, sus dos primeros hijos varones, declarados por Jaehaerys como sus sucesores, fallecieron estando él en vida.
Los dos principales candidatos al Trono de Hierro eran sus nietos Viserys y Laenor Velaryon.
Viserys demostró ser un rey eficiente que siguió las políticas de su padre, bajo cuyo reinado la Casa Targaryen llegó a su apogeo.
El rey contrajo un segundo matrimonio con Lady Alicent Hightower, hija de su Mano del Rey, quien le proporcionaría tres hijos varones: Aegon, Aemond y Daeron, sin embargo, el rey no varió su política y mantuvo su idea de que Rhaenyra siguiese siendo su heredera, rompiendo la línea seguida por Jaehaerys y el Gran Consejo.
Eso hizo que, a ojos de los «Verdes», fueran considerados bastardos, aumentando aún más las tensiones entre ambos bandos.
Al morir Laenor, Rhaenyra no tardó en contraer matrimonio de nuevo con su tío, Daemon Targaryen.
A la muerte de Viserys, el Consejo Privado se reunió para decidir al sucesor.
Ser Otto Hightower, la Mano del Rey, argumentó que si Rhaenyra ascendía al trono, Daemon sería el auténtico rey y no perdonaría a aquellos que se opusiesen a Rhaenyra.
Los «Negros» poseían más dragones que sus adversarios, pero carecían de jinetes para montarlos, mientras que los «Verdes» controlaban las principales ciudades de Poniente —Desembarco del Rey, Antigua y Lannisport— y el tesoro real.
Sin embargo, los «Verdes» consiguieron el apoyo del Reino de las Tres Hijas, la alianza formada por las Ciudades Libres de Lys, Myr y Tyrosh, cuya flota capturó a los príncipes Aegon y Viserys.
Empleando su flota, la Casa Velaryon bloqueó el Gaznate —el estrecho que comunicaba Desembarco del Rey con el Mar Angosto—, de manera que la flota del Reino de las Tres Hijas atacó para romperlo.
Aemond y Ser Criston partieron con un ejército hacia las Tierras de los Ríos, sin embargo, esto era justo lo que Daemon pretendía, ya que ahora Desembarco del Rey se hallaba desprotegida.
Partió hacia Rocadragón, donde en poco tiempo se hizo con el control de la fortaleza.
Su única oposición provino de la princesa Baela Targaryen, que logró escabullirse hasta su dragón.
Al mismo tiempo, Hugh Martillo y Ulf el Blanco partieron para combatir a los ejércitos de Lord Ormund Hightower y el príncipe Daeron Targaryen que marchaban rumbo a Desembarco del Rey.
Dustin mató personalmente a Lord Hightower antes de caer él mismo.
Al enterarse del caos que sacudía la capital, los Hightower insistieron en marchar cuanto antes.
Hugh Martillo, aduciendo que poseía al dragón más grande vivo, exigió la corona por derecho de conquista.
Mientras tanto, en la capital, varios sujetos gobernaban Desembarco del Rey como reyezuelos aprovechando la anarquía imperante.
Lord Borros Baratheon, que aún no había participado en la guerra de forma activa, partió hacia la capital y restauró el orden.
La derrota de Borros dejaba el camino expedito para los Negros hasta Desembarco del Rey.
El rey Aegon II se negó a capitular y amenazó con matar al hijo de Rhaenyra.
Sabiendo que la actitud del rey solo conduciría a otra matanza estéril, Lord Corlys y Lord Larys Strong se conjuraron para acabar con la vida del rey, quien resultaría envenenado.
Esto provocó que ninguna otra mujer volviera a sentarse en el Trono de Hierro.
Al finalizar el conflicto, únicamente cinco miembros de la Casa Targaryen quedaban vivos: el joven rey Aegon III, su hermano menor Viserys, la esposa de Aegon, Jaehaera y las gemelas Baela y Rhaena Targaryen.