En el ámbito académico se especializó en el estudio de los horrores del Holocausto, la discriminación y los derechos humanos.

Su tesis se tituló "Tortura y otras prácticas ilegales a detenidos.

[5]​ Luego, como funcionario judicial a partir de 1993, ascendió por diferentes cargos en la Justicia Penal.

Logramos modificar una práctica institucional que afectaba a pobres inocentes" declaró Rafecas en ese momento.

Este proceso es conocido como "la Megacausa del Primer Cuerpo del Ejército", y se centraliza la causa N° 14.216/2003, caratulada "Suárez Mason, Carlos Guillermo y otros s/privación ilegal de la libertad agravada, homicidio..." originada en el año 2003, luego de que el Congreso declarara nulas las leyes de Punto Final y Obediencia Debida.

En 2009 comenzaron a realizarse los juicios por los hechos investigados en esta megacausa y hasta el momento hay 30 condenados.

Entre los procesados están los expresidentes de facto Jorge Rafael Videla[20]​ y Reynaldo Bignone, el exjefe militar Jorge Olivera Róvere, el ex comisario Miguel Etchecolatz y el exagente de inteligencia Raúl Guglielminetti.

En total ha sido indagado nuevamente por 650 casos de detenciones ilegales, torturas y homicidios.

Jorge Godoy fue puesto al frente de la fuerza por el expresidente Néstor Kirchner en 2003.

[39]​ El juez federal Daniel Rafecas a cargo del operativo ordenó que la Policía realice "un cerco perimetral" en el lugar, con el objetivo de evitar enfrentamientos.

[40]​ Finalmente se logró el desalojo sin violencia y el Juez procesó a 10 individuos, que identificó como parte de un grupo organizado integrado por personas con antecedentes penales, dedicado a usurpar para después vender terrenos.

[46]​ Durante 2012 el Juez Daniel Rafecas se hizo cargo de la causa llamada ex-Ciccone Calcográfica.

Laura Muñoz Tokatlian testimonió, declarando sobre el vínculo que Vandenbroele tenía con Nuñez Carmona, Boudou y una mujer apodada Lupe.

Gracias a la mayoría absoluta del kirchnerismo en el Consejo de la Magistratura, Rafecas no fue sancionado, pero fue apartado de la investigación y la causa pasó a manos del juez Ariel Lijo.

Rafecas es consultor académico ad-honorem en la Fundación Memoria del Holocausto de Buenos Aires.

[8]​ Ha dictado conferencias sobre temas relacionados con la Shoá en los Estados Unidos (Auschwitz Institute),[55]​ Francia (UNESCO), España (Casa Sefarad)[56]​ e Israel (Yad Vashem), y también en países de Latinoamérica y universidades del interior de Argentina.

La visita se cumplió cuando dos de los adolescentes fueron a la fundación acompañados por sus madres y el otro, por su padre.

La directora de la fundación calificó la decisión del juez como "una medida educativa extraordinaria que se debería imitar" y elogió "el arrepentimiento mostrado por los chicos, que tuvieron esa actitud tan argentina de asustarse y agredir a alguien diferente".

donde se investigaba por narcotráfico a dos individuos de origen serbio, entre otros involucrados.

[82]​ El abogado Ricardo Monner Sans criticó las explicaciones que el Juez Rafecas dio al periodismo.

[81]​ El Senador Augusto Alasino presentó una denuncia al Consejo de la Magistratura que fue desestimada.