Cygwin es una colección de herramientas desarrollada por Cygnus Solutions para proporcionar un comportamiento similar a los sistemas Unix en Microsoft Windows.

El sistema Cygwin tiene varias partes diferenciadas: Además se incluye una biblioteca denominada MinGW que funciona de forma análoga a la biblioteca nativa MSVCRT (que implementa la API de Windows).

Únicamente se soporta el juego de caracteres del sistema Windows sobre el que ejecuta.

El siguiente paso era intentar configurar el compilador en un sistema Windows pero esto precisa una emulación de un entorno Unix para permitir que el script autoconf ejecutara correctamente.

En 1998, Cygnus empezó a distribuir el paquete Cygwin como un producto de suficiente interés por sí mismo.