Se emplaza en el sector central de la Sierra de Enmedio, en la ladera alta de un relieve que presenta fuertes pendientes en todas sus vertientes.
[1] El yacimiento se localiza en un sector de gran interés arqueológico al constatarse en él una intensa ocupación de época prehistórica.
[2] Desde el abrigo se tiene un amplio control del estrecho corredor encajado entre sierras y que permitía la comunicación entre el valle del Guadalentín y del Almanzora.
Desde aquí, el abrigo se va estrechando, sobreelevándose paulatinamente hasta los 2 m aproximadamente, hasta completar un profundidad total de 14 m.[3] Cueva del Rayo se conoce únicamente a raíz de los hallazgos realizados en superficie.
[3] Los materiales hallados en el interior de la cavidad ofrecen una cronología que abarca desde el Paleolítico Superior hasta el Neolítico (9.000 – 4.000 años a. C.).