El estudio es conocido por sus juegos de las series Tomb Raider, Legacy of Kain y Gex.

Inicialmente centrándose en la consola interactiva multijugador 3DO, el primer título del estudio, Crash 'N Burn (1993), fue el juego incluido en el sistema.

El estudio también creó Gex (1995) y publicó Blood Omen: Legacy of Kain (1996), expandiendo luego ambos a franquicias.

[2]​[6]​ En 1990, New Technology Group se asoció con Electronic Arts para crear 3DO Interactive Multiplayer, una colaboración que eventualmente creció hasta convertirse en The 3DO Company.

[7]​[8]​ Si bien Morse se convirtió en presidente de su junta directiva y director ejecutivo (CEO), también continuó como director ejecutivo de New Technology Group hasta que esa empresa se fusionó con The 3DO Company.

[9]​[10]​ Technology Partners y Kleiner Perkins Caufield & Byers proporcionaron capital inicial a Crystal Dynamics.

[12]​[13]​ Mark Cerny, también de Sega, se convirtió en su primer desarrollador ese mismo año.

[6]​ Desarrollar para el sistema significó que la empresa podía producir juegos para formato CD-ROM, evitando los mayores costos asociados con los cartuchos.

[2]​[9]​ Posteriormente asumió el cargo de director ejecutivo y se involucró mucho más en el estudio.

[12]​ Por esta época, Crystal Dynamics publicó Slam 'N Jam '95 y Blazing Dragons, mientras también trabajaba con Silicon Knights, con sede en Canadá, en Blood Omen: Legacy of Kain.

[12]​ En 1996, debido en gran parte al crecimiento inesperadamente lento del mercado de juegos en CD-ROM, el estudio se vio afectado financieramente.

[35]​[36]​ En junio, la empresa reveló planes para una reorganización: la junta directiva nombró director ejecutivo a Ted Ardell, socio general de Technology Partners.

[11]​[34]​ Posteriormente, Crystal Dynamics dejó de publicar esfuerzos para centrarse únicamente en juegos desarrollados internamente.

[46]​ El proyecto final de Toys for Bob bajo Crystal Dynamics fue 102 Dálmatas: Cachorros al rescate.

[23]​ Entre los primeros proyectos de Crystal Dynamics bajo Eidos Interactive se encuentran Mad Dash Racing (2001) y Whiplash (2003).

Lanzado como un fracaso comercial en 2003, los desarrolladores de Crystal Dynamics creían que el juego estaba en un mal estado final.

En consecuencia, Eidos Interactive asignó la serie a Crystal Dynamics, y varios miembros del personal estaban entusiasmados con la posibilidad de trabajar en una gran franquicia que habían jugado antes.

[12]​ Para Tomb Raider: Legend, los desarrolladores de Crystal Dynamics jugaron todos los juegos anteriores y leyeron guías para comprender mejor su diseño.

Por esta época, un equipo dentro del estudio lanzó una nueva propiedad intelectual llamada Downfall, un juego post-apocalíptico de mundo abierto ambientado en San Francisco.

Sin embargo, el estudio consideró demasiado ambicioso trabajar en dos grandes proyectos simultáneamente y decidió detener el desarrollo de Downfall.

[12]​ Eidos Interactive despidió a aproximadamente 30 personas de Crystal Dynamics en enero de 2009, citando el mayor enfoque del estudio en Tomb Raider, e instaló a Darrell Gallagher como jefe del estudio.

El editor atribuyó esto en gran medida a los problemas de distribución del juego en Norteamérica.

[54]​ Gard, que había liderado un equipo para un proyecto no anunciado durante unos meses, dejó el estudio en septiembre.

[56]​[57]​ Posteriormente, Gallagher fue ascendido para supervisar todos los estudios de Square Enix en Europa y América del Norte, manteniendo su puesto en Crystal Dynamics.

[61]​ El estudio había lanzado un juego para un solo jugador similar a Tomb Raider en el que el jugador tomaría el control del grupo de superhéroes Los Vengadores, cambiando de personaje a medida que avanzaba la historia.

[66]​ En mayo de 2022, Embracer Group anunció que adquiriría varios juegos y estudios, incluido Crystal Dynamics con sus series Tomb Raider y Legacy of Kain, de Square Enix por US$300 million.

[73]​ El estudio había declarado previamente que tales despidos no afectarían sus proyectos Perfect Dark y Tomb Raider.

Aspyr, otra empresa del Grupo Embracer, desarrolló la colección en colaboración con Crystal Dynamics.