Guerrero fue originalmente firmado como agente libre no drafteado por los Cerveceros de Milwaukee en 1997.
Estuvo entre los mejores 10 prospectos en el farm system de los Cerveceros durante tres años por la revista Baseball America, y fue un All-Star de la Pioneer Baseball League en 1999 y 2000.
En total, Guerrero jugó en más de 460 juegos en Doble-A y superior, incluyendo mayormente las temporadas entre 2002-07.
En 43 partidos con Riversharks, bateó .290 con siete jonrones y 23 carreras impulsadas.
En 2008, Guerrero firmó con los RailCats, miembros de la Northern League.