Padecida en todas partes, la exuberancia pluvial inundó poblaciones enteras, tiró abajo líneas telefónicas, alteró sustancialmente el sistema de transporte y creó serios problemas en el abastecimiento de energía eléctrica.
Aguas abajo, dicho pico resultó reducido casi a la mitad por el efecto regulador del embalse.
Luego de 6 días en que solo se registraran lloviznas aisladas en la cuenca del río Negro, volvió a llover en los días 2, 3 y 4 del mes de abril, totalizando 34,8 mm; el día 5 no llovió y el día 6 comenzaron las grandes lluvias que produjeron la crecida catastrófica.
El lago con nivel en la cota +79,00 m fue subiendo rápidamente, estando cerrado el vertedero.
En estos avisos se comunicó el movimiento de las compuertas con anticipación, dado que se veía afectado en forma considerable el nivel de las aguas del río Negro en Paso los Toros y zonas aledañas.
La apertura 0,9 metros se mantendría mientras no fueran copiosas las lluvias aguas debajo de la Central Rincón del Bonete, para evitar inundaciones inútiles.
El día 9 cayeron 65,4 mm y el lago subió a razón de 1 cm por hora aproximadamente; las abundantes lluvias no fueron tomadas en cuenta en forma inmediata debido al corte en las comunicaciones telefónicas a causa del temporal.
El 17 de abril se registró el nivel del embalse en la cota +82,33 (07:00 AM).
El viernes 17 de abril tropas del ejército recorrieron Paso de los Toros casa por casa intimando el abandono urgente por sus pobladores, que fueron concentrados en la estación del ferrocarril, llevando los enseres más elementales (una valija por persona).
Cinco mil personas emigraron a Montevideo y otras fueron alojadas en estancias de la zona.
Para proveer alimentos y otros enseres básicos se creó el Comité Nacional de Ayuda a los Damnificados, presidido por Óscar Gestido, y que se encargó de conseguir y distribuir ayuda proveniente de fuentes nacionales e internacionales.
El día 19 se abre otro escape al lago, por las nacientes de un gajo del arroyo Alburquerque, en donde el campo tiene un cuello a +83,30 aproximadamente.
El día 20 el lago llega al nivel de cota +83,89 m (07:00 AM), subiendo 54 cm en 24 horas.
Se advierte el inevitable desborde del lago por encima de las partes más bajas del dique que están al nivel +84,30 m, lo que se produjo alrededor de la hora 17:00.
Llegada la crecida al nivel +85,00 m, el desagüe máximo hacia aguas abajo alcanzó a unos 10.800 m3/s.
Este caudal se formó con los desagües por el vertedero (6.600 m³/s), por encima del dique de hormigón desbordado (2500 m³/s), a través de la brecha abierta en un dique lateral que cerraba el embalse (1.500 m³/s) y por otros pequeños desagües (200 m³/s).
Frente a las ciudades de Salto y Paysandú, el nivel del río Uruguay subió 18 metros.
Con el propósito de determinar los límites de la zona afectada por las inundaciones, el 3 de mayo se realizó un relevamiento aéreo-fotográfico del curso del río Negro, entre Rincón del Bonete y Baygorria, donde las aguas aún mantenían un nivel elevado y la resaca en las orillas indicaba la cota máxima alcanzada.
El personal de UTE fue reintegrado a la Rincón del Bonete los primeros días del mes de mayo, durante los cuales continuaba lloviendo.
Numerosas partes, como las excitatrices, fueron colocadas debajo de carpas con estufas y ventiladores, estos últimos facilitados por la compañía General Electric en forma gratuita.
En los trabajos participaron 220 operarios, distribuidos en turnos de 9 horas por día.
Muchos de estos concurriendo diariamente a Rincón del Bonete desde Paso de los Toros, mediante dos ómnibus y dos barcos remolcadores que permitían cruzar la brecha abierta por la Operación Terraplén.
Con el bobinado del estátor en cortocircuito y conectado a tierra, se hacía girar las turbinas a bajas velocidades, de modo que las corrientes calentaban la máquina para su secado.
Todo esto se repitió una decena de veces en cada generador, con las dificultades que fueron apareciendo a causa de fallas en motores y bombas auxiliares que estuvieron bajo las aguas.
El lugar donde se realizó la voladura de la Operación Terraplén, produciendo una brecha en el terraplén, dejó incomunicada por vía terrestre a la Central y población de Rincón del Bonete.
El transporte normal vía ómnibus no era posible, dado que la población se había convertido en una isla.
Ambas turbinas fueron rehabilitadas y ensayadas girando en vacío con éxito, no así los generadores, donde no fue posible secar los bobinados del estátor, como era esperado hacer, siendo necesaria la compra de nuevos bobinados.
La central Térmica Central José Batlle y Ordóñez, en funcionamiento con el costoso fuel oil como combustible, no alcanzaba para abastecer más que 170 MW, cuando la demanda rondaba los 220 MW.
En la visita a la Sala de Máquinas inundada, los ingenieros de UTE le manifiestan que estimaban en unos seis a siete meses el tiempo necesario para poner en marcha los generadores.
Primero llegó el destinado al generador de la Unidad 2, donde fue descartado por los técnicos proseguir con el secado y ensayos del aislamiento, desechándose por irrecuperable.