El T3E inicialmente usaba microprocesadores DEC Alpha 21164 (EV5) y estaba diseñado para ser escalado desde 8 a 2176 Elementos de Procesamiento (EP).Al contrario que muchos otros sistemas MPP, incluyendo el T3D, el T3E estaba totalmente auto-organizado y corría el sistema operativo distribuido UNICOS/mk con un subsistema de E/S GigaRing integrado en la topología toroidal para la E/S de red, discos y cintas.Un T3E-1200 con 1480 procesadores fue el primer supercomputador con un rendimiento mayor a 1 teraflops corriendo aplicaciones de ciencia computacional en 1998.Mientras se proveían las actualizaciones -900, -1200 y -1200E para el T3E, Silicon Graphics instó a los usuarios del Cray T3E a migrar al Origin 3000, un computador basado en MIPS memoria compartida distribuida, introducido en el año 2000.[2] Sin embargo el T3E continuó en producción luego que SGI vendiera Cray ese mismo año.
T3E-900 AC con dos gabinetes de discos a la izquierda.
