Es posible que dejara Amberes en este momento para Ámsterdam, donde se casó con Janneken Adriaens en 1627.

En ese momento, Melyn había cambiado su ocupación, figurando en este certificado como un " parecedor ", un "vestidor de cueros más finos y suaves".

También estaba a bordo Adriaen van der Donck, quien algún día sería un aliado político de Melyn y otra víctima de la persecución del director general Peter Stuyvesant.

En noviembre de 1643, durante el sangriento conflicto con las tribus vecinas lenape que se conoció como la Guerra de Kieft, Melyn y sus colonos se vieron obligados a abandonar Staten Island.

[4]​ En 1644, habiendo sido destruida su plantación, Cornelis Melyn compró tres lotes adyacentes cerca del fuerte holandés en el bajo Manhattan, a lo largo del East River, cerca de la intersección de las actuales calles Broad y Pearl.

Reconociendo el peligro de tales acciones para su propia administración, Stuyvesant se negó a considerar las demandas de Melyn y Kuyter e hizo que fueran juzgados por lesa majestad.

Los Estados Generales actuaron favorablemente sobre su apelación y emitieron un mandato judicial fechado el 28 de abril ordenando al director general Stuyvesant que compareciera en persona, oa través de su representante, para sustentar su sentencia contra ellos.

Su enemistad continuó con el director general Stuyvesant, quien lo hizo arrestar y encarcelar sin juicio ni audiencia en 1655.

El papel de Melyn en la historia se reconoce en un mural en el Staten Island Borough Hall de Frederick Charles Stahr titulado Cornelius Melyn Trades With the Indians.