La Copa del Rey juvenil de fútbol 2016 fue la 66.ª edición del campeonato juvenil, que se disputó entre el 14 de mayo y el 26 de junio de 2016.
El campeón fue el Atlético de Madrid tras derrotar en la final al Real Madrid por 4 goles a 3.
En este torneo participan 16 equipos: los siete campeones y los respectivos subcampeones de cada grupo de la División de Honor Juvenil 2015-16, junto a los dos mejores terceros de entre los siete grupos.
En esta temporada fueron los siguientes: