La Copa del Rey de balonmano 1999 fue la edición XXIV del campeonato estatal de la Copa del Rey y se celebró en Valladolid en el año 1999.
6 encuentros se celebraron en el Polideportivo Pisuerga y un partido en cercana localidad de Medina del Campo.
Los equipo clasificados fueron: BM Ciudad Real, BM Valladolid, Portland San Antonio, SD Teucro, BM Gáldar, CB Cantabria, Ademar León y el FC Barcelona.
El ganador de esta edición fue el Portland San Antonio, imponiéndose al FC Barcelona.
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