[3]​ En las etapas finales, los cuatro clasificados de la fase de grupos se sortearon en dos llaves de semifinales, las cuales se jugaron a partido único; los ganadores accedieron a la final, que también se jugó a partido único.

Actualizado el 4 de abril de 2017.Las etapas finales se jugaron por eliminación directa en dos rondas; primero las semifinales y posteriormente la final.

En las semifinales participaron los tres ganadores de cada grupo más el mejor segundo.

Los partidos se jugaron los días 11 y 23 de abril.

Gibraltar Phoenix se impuso por dos a cero a College 1975, y de esta manera ganó su primera Copa de la Segunda División.