El torneo empezó el 3 de septiembre con la ronda preliminar y terminó el 20 de mayo con la final en el Estadio Nacional Ta' Qali.
El torneo estará compuesto por 65 equipos los cuales disputarán una ronda preliminar y 6 rondas eliminatorias, todas ellas por eliminación directa.
El campeón se clasificará para la primera ronda de la Liga Europa 2017-18.
[1] Entre paréntesis se muestra la categoría en la cual juegan los clubes en esta temporada (2016-17) Un partido preliminar se jugó el 3 de septiembre de 2016.
[10] Los partidos fueron jugados los días 18 y 19 de febrero.