El campeonato se jugó ininterrumpidamente desde 1998 hasta el año 2007, y durante sus diez ediciones todos los campeones fueron diferentes equipos.

El torneo contó con la participación de 8 de Diciembre (Caacupé), Sportivo Coronel Oviedo (Coronel Oviedo), General Díaz (Pedro Juan Caballero) y San Lorenzo (Caaguazú) en el grupo A; y, Cerro Porteño (Presidente Franco), Silvio Pettirossi (Encarnación), Atlético R.I.

El segundo del grupo B, Pettirossi, perdió ante General Díaz por 3-4 y 3-4.

[13]​ Pues, para el 2009 se reservó el lugar para equipos del interior en la Intermedia al campeón de dicha disputa (el cual, como sería una selección de la liga regional, tenía que convertirse en club para participar).

El ganador del Mini Interligas 2008/2009 fue la Liga Santaniana por lo que luego debió fundarse como un club unificado para participar en la Segunda División.

[14]​ Lo mismo sucedió con la selección de la Liga Carapegüeña, campeona del 2010/2011 y que formó el Sportivo Carapeguá.

Posteriormente el ascenso de selecciones del interior solo se permitiría directamente cada dos años, por lo que el Mini-Interligas fue descontinuado y reemplazado por el añejo Campeonato Nacional Interligas.

En el 2001 ascendió el subcampeón Olimpia (Itá), solo pudo estar un año en la Intermedia, pues acabó 10° entre 14 y luego perdió en penales la serie de dos partidos por la permanencia ante el club River Plate.

Luego descendió a la Intermedia, y al siguiente año de nuevo, pero, al crearse la Primera Nacional B, pudo participar en el 2011, coronándose como su primer campeón y retornando a la Intermedia.

Al crearse la Primera Nacional B, logró su pase entre los 7 mejores del clasificatorio de la UFI, y en dicha tercera división se mantiene.

Martín Ledesma estuvo solo 1 año en la Intermedia y luego descendió por acabar 9° entre 10, siendo último el equipo de Choré.

Luego ascendería el Benjamín Aceval, que estuvo por dos años en la segunda categoría, pues acabó 11° entre los 12 clubes del 2009.

Al no haber campeonato interclubes del interior en el 2008, los directivos del club Martín Ledesma solicitaron su ingreso al campeonato metropolitano de 4° división, en el que jugaron desde el 2008 y llegaron a cuartos de final, en el 2009 salieron subcampeones y ascendieron a Tercera, en la cual fueron subcampeones en el 2010.

Ese mismo año, Aceval alcanzó el 4° lugar y Olimpia el 3° por lo que este último ascendió a la Primera B metropolitana.

En el 2012, Benjamín Aceval salió subcampeón y también ascendió a la tercera categoría.